Repozytorium Uniwersytetu Zielonogórskiego udostępnia 9 272 obiektów cyfrowych
Obiekt
Tytuł: Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach
Autor:
Zok, Tomasz ; Antczak, Maciej ; Riedel, Martin ; Nebel, David ; Villmann, Thomas ; Lukasiak, Piotr ; Blazewicz, Jacek ; Szachniuk, Marta
Data wydania:
Typ zasobu:
Współtwórca:
Byrski, Aleksander - ed. ; Kisiel-Dorohinicki, Marek - ed. ; Dobrowolski, Grzegorz - ed.
Podtytuł:
Tytuł publikacji grupowej:
Abstract:
An increasing number of known RNA 3D structures contributes to the recognition of various RNA families and identification of their features. These tasks are based on an analysis of RNA conformations conducted at different levels of detail. On the other hand, the knowledge of native nucleotide conformations is crucial for structure prediction and understanding of RNA folding. However, this knowledge is stored in structural databases in a rather distributed form. Therefore, only automated methods for sampling the space of RNA structures can reveal plausible conformational representatives useful for further analysis. ; Here, we present a machine learning-based approach to inspect the dataset of RNA three-dimensional structures and to create a library of nucleotide conformers. A median neural gas algorithm is applied to cluster nucleotide structures upon their trigonometric description. The clustering procedure is two-stage: (i) backbone- and (ii) ribose-driven. We show the resulting library that contains RNA nucleotide representatives over the entire data, and we evaluate its quality by computing normal distribution measures and average RMSD between data points as well as the prototype within each cluster.
Wydawca:
Zielona Góra: Uniwersytet Zielonogórski
Identyfikator zasobu:
DOI:
Strony:
Źródło:
AMCS, volume 25, number 3 (2015) ; kliknij tutaj, żeby przejść
Jezyk:
Licencja CC BY 4.0:
Prawa do dysponowania publikacją:
Biblioteka Uniwersytetu Zielonogórskiego
Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:
- Repozytorium > Jednostki organizacyjne > Wydział Informatyki, Elektrotechniki i Automatyki
- Repozytorium > Typy utworów > Artykuły
- Repozytorium > Czasopisma naukowe i serie wydawnicze UZ > International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS) > International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS) (2015)
Data ostatniej modyfikacji:
14 lip 2025
Data dodania obiektu:
6 maj 2024
Liczba wyświetleń treści obiektu:
192
Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:
https://zbc.uz.zgora.pl/repozytorium/publication/88911
Wyświetl opis w formacie RDF:
Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 25, number 1 (2015)
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 25, number 2 (2015)
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 25, number 3 (2015)
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 25, number 4 (2015)
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
| Nazwa wydania | Data |
|---|---|
| Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach | 14 lip 2025 |
Obiekty Podobne
Swat, Sylwester Antczak, Maciej Zok, Tomasz Blazewicz, Jacek Musiał, Jędrzej Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Błażewicz, Jacek Formanowicz, Piotr Wojciechowski, Paweł Zieliński, Cezary - ed.
Błażewicz, Jacek Kovalyov, Y. Mikhail Musiał, Jędrzej Urbański, Andrzej P. Wojciechowski, Adam Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Rybarczyk, Agnieszka Hertz, Alain Kasprzak, Marta Blazewicz, Jacek Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Liu, Xinbo Wang, Wen Chen, Xin Sterna, Małgorzata Blazewicz, Jacek Kitowski, Zygmunt - ed. Piskur, Paweł - ed. Hożyń , Stanisław - ed.
Wang, Wen Chen, Xin Musial, Jedrzej Blazewicz, Jacek Kołodziej, Joanna - ed. Pllana, Sabri - ed. Vitabile , Salvatore - ed.
Xiao, Man Liu, Xiaoqiao Li, Weidong Chen, Xin Sterna, Małgorzata Blazewicz, Jacek Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Lopez-Loces, Mario C. Musiał, Jędrzej Pecero, Johnatan E. Fraire-Huacuja, Hector J. Blazewicz, Jacek Bouvry, Pascal Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
