Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach

Zok, Tomasz; Antczak, Maciej; Riedel, Martin; Nebel, David; Villmann, Thomas; Lukasiak, Piotr; Blazewicz, Jacek; Szachniuk, Marta

Tytuł: Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach

Podtytuł:

Tytuł publikacji grupowej:

AMCS, Volume 25 (2015)

Abstract:

An increasing number of known RNA 3D structures contributes to the recognition of various RNA families and identification of their features. These tasks are based on an analysis of RNA conformations conducted at different levels of detail. On the other hand, the knowledge of native nucleotide conformations is crucial for structure prediction and understanding of RNA folding. However, this knowledge is stored in structural databases in a rather distributed form. Therefore, only automated methods for sampling the space of RNA structures can reveal plausible conformational representatives useful for further analysis. ; Here, we present a machine learning-based approach to inspect the dataset of RNA three-dimensional structures and to create a library of nucleotide conformers. A median neural gas algorithm is applied to cluster nucleotide structures upon their trigonometric description. The clustering procedure is two-stage: (i) backbone- and (ii) ribose-driven. We show the resulting library that contains RNA nucleotide representatives over the entire data, and we evaluate its quality by computing normal distribution measures and average RMSD between data points as well as the prototype within each cluster.

Wydawca:

Zielona Góra: Uniwersytet Zielonogórski

Identyfikator zasobu:

oai:zbc.uz.zgora.pl:79080

DOI:

10.1515/amcs-2015-0050

Strony:

689-700

Źródło:

AMCS, volume 25, number 3 (2015) ; kliknij tutaj, żeby przejść

Jezyk:

eng

Prawa do dysponowania publikacją:

Biblioteka Uniwersytetu Zielonogórskiego

Temat i słowa kluczowe:

RNA nucleotides conformer library torsion angles clustering neural gas

Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:

Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa > Repozytorium > Jednostki organizacyjne > Wydział Informatyki, Elektrotechniki i Automatyki

Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa > Repozytorium > Typy utworów > Artykuły

Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa > Repozytorium > Czasopisma naukowe i serie wydawnicze UZ > International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS) > International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS) (2015)

Data ostatniej modyfikacji:

2024-05-06

Data dodania obiektu:

2024-05-06

Liczba wyświetleń treści obiektu:

Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:

https://zbc.uz.zgora.pl/publication/88911

Wyświetl opis w formacie RDF:

RDF

Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:

OAI-PMH

International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS)

Nazwa wydania	Data
Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach	2024-05-06

Obiekt

Tytuł: Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach

Autor:

Typ zasobu:

Współtwórca:

Podtytuł:

Tytuł publikacji grupowej:

Abstract:

Wydawca:

Identyfikator zasobu:

DOI:

Strony:

Źródło:

Jezyk:

Prawa do dysponowania publikacją:

Temat i słowa kluczowe:

Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:

Data ostatniej modyfikacji:

Data dodania obiektu:

Liczba wyświetleń treści obiektu:

Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:

Wyświetl opis w formacie RDF:

Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:

Obiekty

Podobne

podobne w FBC

Dane kontaktowe

Adres

Telefon

E-Mail